第2階段的次世代疫苗在10月3日開打，中央流行疫情指揮中心發言人莊人祥表示，開打至今僅1週時間，打氣需繼續觀察。同時不少人建議及早開始規劃第3階段，中央流行疫情指揮中心發言人莊人祥只說需繼續觀察。指揮中心表示，次世代疫苗第1階段為65歲以上長者，而第2階段開放對象有醫事人員、機場港埠、居家檢疫相關工作人員及航空機組員或船員、機構與社福照護系統相關工作人員、50至64歲成人以及18歲以上因外交、公務、洽商等工作需求需出國者。

隨著10月13日邊境解封，大開國門迎遊客，生活走向正常化，各界對於指揮中心何時解隔一事熱烈討論。中央流行疫情指揮中心指揮官王必勝今（30）日表示，這需要行政院評估決定，不是只看確診數字。中央流行疫情指揮中心指揮官王必勝表示，指揮中心的退場或降級有4大前提：疫情的狀況（包含確診數、中重症人數）；有沒有新的變種病毒；Covid-19流感化程度是否達到已可放心的狀況；最後是監測工作的常態化，視同流感監測模式。王必勝表示，這些條件都達到了就可以降級或解散。

昨（19）日公布國內有4例BA.4.6個案，醫療應變組副組長羅一鈞表示，這4例BA.4.6個案都是輕症，國際報告也沒看到針對BA.4.6提到較為嚴重的研究。國際間關注的除了BA.5以外，BA.4.6與BA.2.75全數屬於輕症化。是否造成雙主流，BA.4.6雖傳播力比BA.5高，但BA.4.6在英美的佔比偏低，能不能超過BA.5還要再觀察。過去BA.2.75曾傳出會蓋過BA.5，但全球主流株還是BA.2近期還有2到3個月的時間會居於主流。未來可能演化出更強的變異株，必須觀察是否有更多變異株出現。

9月初是各級學校開學的日子，然Omicron BA.5疫情蠢蠢欲動，指揮中心也預估8月底、9月初將是BA.5帶來新1波疫情的時刻。在中央流行疫情指揮中心18日的記者會上，有部分媒體提問是否建議地方政府延後開學，發言人莊人祥僅說，在上個學年疫情嚴重時，都沒有延後開學或提早放假；應指延後開學「不太可能」。

搭錯車、忘東忘西，連回家的路，也記不得，許多人以為這只是老化，不過，創作歌手鼓鼓今天現身說法，分享母親罹病及確診失智症經歷，提醒民眾，如果記憶力變差，影響日常生活，就應積極就醫。

中央流行疫情指揮中心今（5）日表示，目前國內疫情雖然持平穩定，社區陸續出現Omicron變異株BA.4、BA.5個案，且邊境政策逐漸開放，未來社區感染風險提升，因為社區還有些人未接種疫苗，因此邀請台大醫院李秉穎醫師，針對常見的疫苗接種問題作提醒。

中央流行疫情指揮中心發言人莊人祥在今（25）日提醒，提供65歲以上長者接種疫苗提供500元衛教品以及2劑快篩，將只到7月31日為止。因符合追加劑接種資格者已經有96%以上，因此時間過了就不再延期。

新任衛福部長薛瑞元以及新指揮官王必勝兩人在昨（18）日正式上任，蘇貞昌在今（19）日上午到疾管署出席，同時幫兩人加油打氣。行政院長蘇貞昌表示，一直注意到國內外疫情，以及醫療量能與整個情況做評估。同時也注意到國外BA.4、BA.5的疫情再起，雖國內明顯下降，仍須適度因應。