毒奶粉事件餘波未平，衛生署政策反覆也引起民怨。衛生署署長林芳郁今（二十五）日中午十二時三十分召開記者會，主動表示他已經在早上以書面向行政院長劉兆玄請辭，以示負責。他同事也為毒奶粉造成人民的誤解與不安道歉。
林芳郁強調，衛生署是以以人民健康與食品安全為最高原則，凡食品成份中有大陸製蛋白奶精與乳製品成份者一律下架，經檢驗合格者才可重新上架，此一原則並未改變。
他表示，為了確保食品重新上架的安全，因此訂定檢驗標準，衛生署基於專業考量，以美國FDA認可採用的食品衛生檢驗方法，昨天才訂定此一標準。林芳郁說，三聚氰胺過去未訂國家管理標準，在世界主要國家中，因為三聚氰胺並非食品應該添加的東西，不能用在食品之用。
林芳郁解釋，這次為了爭取時效，衛生署委由多家檢驗機構，造成檢驗結果不同，造成民眾誤解與不安，及社會對食品的安全有疑慮，他在此致歉且願負全責。接著他忽然說，他今天早上已經以書面向行政院長劉兆玄請辭，畢竟所有的決策都是他當時制定的方向，因此應該負責任。
衛生署昨（二十四）日晚間九時突然宣布，參考香港最近立法，檢測食品中三聚氰胺的准許含量由原本的○放寬為二．五ppm（百萬分之一的濃度），在這個一新的標準之下，之前送檢產品被驗出含三聚氰胺的廠商包括汎昇、六和，產品都合乎規範，不必下架，只要收到衛生署發給的證明之後，就能恢復販售。衛生署說詞幾度反覆，引起消費者與業者一片罵聲連連。為此，今日衛生署再度召開記者會，原本外界以為衛生署將說明標準訂定原則，沒想到竟然是署長林芳郁的辭職聲明。
林芳郁請辭 政院高層：劉兆玄應該會准
【中時電子報盧素梅／台北報導】
衛生署處理大陸毒奶粉事件，昨晚突然政策急轉彎，放寬三聚氰胺的標準，遭致外界批評。衛生署長林芳郁今（二十五）日中午宣布他已向行政院長劉兆玄提出書面辭呈，新聞局長史亞平稍早在院會後記者會上也證實，林芳郁在會中提出「高度負責任」的態度。至於劉兆玄是否會批准林芳郁的辭呈，政院高層透露，劉兆玄尚未批准，不過「應該是這個方向。」
