食藥署於11月3日召開高端疫苗保護效益評估專家會議，就高端疫苗整體保護效益報告、國內某醫學中心資料庫分析報告、以及全國性預防接種資訊管理系統與傳染病通報系統資料庫之大數據資料，顯示接種高端疫苗對於預防中重症、死亡具有保護效益，因此專家會議一致決議認同高端新冠肺炎疫苗符合疫苗保護效益。

近日高端公司主動公布高端疫苗的採購單價，然近期又有輿論依照各方資訊推算其他mRNA疫苗的採購單價，直指高端疫苗「售價偏高」。中央流行疫情指揮中心今（2）日整理5大項疫苗採購單價相關的錯誤樣態，強調這些推算，都不是完全正確結果，只有疫苗公司或政府揭露的數字才是正確的。

中央流行疫情指揮中心指揮官王必勝在今（1）日親上火線澄清，強調「這個金額比我們自購或被捐贈的都低」，更強調外界自行推估，慈濟基金會購買並捐贈的BNT，所稱的每劑630元是錯誤的。

食藥署在昨（26）日召開專家會議，通過BNT的BA.1與BA.4／5雙價疫苗與莫德納BA.4／5雙價疫苗的專案輸入申請案。中央流行疫情指揮中心發言人莊人祥今（27）日宣布首批60萬劑的莫德納疫苗將在11月上旬到貨。

中央流行疫情指揮中心今（19）日表示，考量國內邊境管制措施逐漸放寬，國際間各式交流需求日益增加，且入境部分國家，如有符合該國指定疫苗廠牌及劑數之接種紀錄，可豁免入境後之檢疫、隔離措施或取代檢驗陰性證明，經綜合評估後，指揮中心宣布自即日起，提供已接種高端疫苗有出國需求的民眾，可接種我國核准專案輸入之COVID-19疫苗。

有部分人接種過mRNA疫苗後被劇烈的發燒等副作用嚇著，而未再持續接種疫苗追加劑，隨著次蛋白疫苗Novavax已經到貨2批次，12到17歲青少年將從9月30日開放接種，衛福部傳染病防治諮詢小組ACIP召集人，台大醫院醫師李秉穎表示，如果擔憂不良反應，可考慮接種Novavax。

中央流行疫情指揮中心近日購買莫德納之次世代疫苗，因該疫苗為針對BA.1的疫苗而非BA.5而引發爭議：指揮官王必勝罕見地在週六（9／3）舉行記者會強調，即使是原始株加BA.1的疫苗，對於防範疫情大雨，仍然是把「好傘」；但媒體人趙少康批評指揮中心決策不佳，批評疫苗是「破傘擋不了大雨」。

衛福部食藥署為因應COVID-19變異株防疫之需求，於9月2日召開專家會議，討論莫德納雙價疫苗作為18歲以上成人主動免疫之追加接種。食藥署表示，莫德納雙價疫苗為次世代疫苗，每劑0.5mL含有25微克原型株mRNA及25微克Omicron BA.1變異株mRNA。經審查莫德納雙價疫苗的1項第2／3期臨床試驗結果顯示，以雙價疫苗作為追加劑，相較於以原型株疫苗作為追加劑，能夠誘發較優的對抗Omicron BA.1變異株的中和抗體免疫反應。食藥署藥品組專門委員林意筑表示，莫德納雙價疫苗將可用作第1次或第2次追加劑使用，間隔至少3個月後接種。