肺炎本土疫情仍屬高原期，面臨秋冬季的流感病毒旺盛期，不少專家提醒應小心肺炎與流感夾擊。中央流行疫情指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞表示，流感與肺炎的症狀相當接近，兩者都有鼻塞、發燒、咳嗽、頭痛與肌肉痠痛等症狀。

隨著10月13日邊境解封，大開國門迎遊客，生活走向正常化，各界對於指揮中心何時解隔一事熱烈討論。中央流行疫情指揮中心指揮官王必勝今（30）日表示，這需要行政院評估決定，不是只看確診數字。中央流行疫情指揮中心指揮官王必勝表示，指揮中心的退場或降級有4大前提：疫情的狀況（包含確診數、中重症人數）；有沒有新的變種病毒；Covid-19流感化程度是否達到已可放心的狀況；最後是監測工作的常態化，視同流感監測模式。王必勝表示，這些條件都達到了就可以降級或解散。

中央流行疫情指揮中心今（29）日表示，今（2022）年採購之第4批莫德納（Moderna）次世代雙價疫苗60.5萬劑，已於今日上午抵達桃園國際機場，完成通關程序後，直接運送至指定冷儲物流中心進行後續檢驗封緘作業，再提供衛生福利部傳染病防治諮詢會預防接種組ACIP專家會議建議之優先對象接種追加劑使用。本批效期至2023年3月30日。

中央流行疫情指揮中心統計，到2022年9月止，政府自購5351萬劑各廠牌疫苗，有350萬劑、約6.5%疫苗過期報銷，價值大約約12億元；其中高端疫苗報銷5億元居冠。今（26）日指揮官王必勝表示，為提供國人充足疫苗，一定會有疫苗屆效。

中央流行疫情指揮中心今（22）日表示，透過COVAX機制獲配的第2批Novavax疫苗50.4萬劑，已於今日上午抵達桃園國際機場，完成通關程序後，直接運送至指定冷儲物流中心進行後續檢驗封緘作業，再提供12歲以上民眾接種基礎劑、基礎加強劑及追加劑使用。本批預計在9月30日開始配送，效期至2022年12月31日。

中央流行疫情指揮中心今（21）日表示，新1批共有50.4萬劑的次蛋白疫苗Novavax將在明（22）日抵台。指揮官王必勝表示，目前市面的Novavax即將用罄，指揮中心進了新1批共50.4萬劑，將在明日到貨。ACIP通過12到18歲也能接種，因它是次蛋白疫苗，副作用相當低，將在9月30日進行配送。

昨（19）日公布國內有4例BA.4.6個案，醫療應變組副組長羅一鈞表示，這4例BA.4.6個案都是輕症，國際報告也沒看到針對BA.4.6提到較為嚴重的研究。國際間關注的除了BA.5以外，BA.4.6與BA.2.75全數屬於輕症化。是否造成雙主流，BA.4.6雖傳播力比BA.5高，但BA.4.6在英美的佔比偏低，能不能超過BA.5還要再觀察。過去BA.2.75曾傳出會蓋過BA.5，但全球主流株還是BA.2近期還有2到3個月的時間會居於主流。未來可能演化出更強的變異株，必須觀察是否有更多變異株出現。

中央流行疫情指揮中心今（16）日表示，今（2022）年採購之第1批Moderna次世代雙價疫苗80.4萬劑，將於今日晚間抵達桃園國際機場，預計9月24日起配送各縣市政府，優先提供65歲以上長者、長照機構住民及18歲以上免疫不全及免疫力低下者接種追加劑使用。