細胞分類法
世界衛生組織(WHO)將鼻咽癌的病理組織像分類法，訂為WHO type I、,II 和III ，鼻咽癌的病理組織分類才得到各個病理學家較為一致的贊同。雖是如此，一些爭論仍是存在。所謂WHO 第I型，即角化型鱗狀上皮細胞癌(Squamous Cell Carcinoma, keratinized)；WHO 第II型，即非角化型鱗狀上皮細胞癌(Squamous Cell Carcinoma, non-keratinizing)；WHO 第III型，則是未分化型鱗狀上其細胞癌(Squamous Cell Carcinoma, undifferentiated)。其中以WHO 第III型和EB病毒關係最為密切，第II型次之，而第I型則和EB病毒沒什麼關係。
病理學分類法
鼻咽癌的癌症分期(TNM)可分為四期。其中包含了腫瘤侵犯鼻咽附近組織的程度(T)、淋巴腺是否被侵犯(N)、以及是否有遠處轉移(M)三個因素 。
依據1997年國際聯合抗癌聯盟／美國聯合癌症委員會所推薦的TNM分類法，將鼻咽癌分為：
第1期：腫瘤只局限於鼻咽部內，無淋巴結及遠處轉移。
第2期：腫瘤已由鼻咽部向外伸展至口咽部或鼻部，且尚無鼻咽旁（parapharyngeal）、淋巴結侵犯及遠處轉移。
第3期：1、腫瘤局限於鼻咽部內或是已由鼻咽部向外伸展至口咽部或鼻部、無鼻咽旁轉移但已有單側小於6公分的頸淋巴結轉移。
2、腫瘤已由鼻咽部向外伸展至口咽部或鼻部、且有鼻咽旁轉移，無或有合併單側小於6公分的頸淋巴結轉移。
第4期：1、腫瘤雖尚未侵犯到顱底骨骼或鼻竇內，但已有雙側小於6公分的頸淋巴結轉移。
2、腫瘤已侵犯到顱底骨骼或鼻竇內，但並無鎖骨上窩淋巴結的轉移或是腫瘤已侵犯到顱底骨骼或鼻竇內，但所有的頸淋巴結大小都是小於6公分的。
第5：腫瘤已侵犯到顱內、下咽部或眼窩，但並無鎖骨上窩淋巴結的轉移或是腫瘤已侵犯到顱內、下咽部或眼窩，但所有的頸淋巴結大小都是小於6公分的。
第6期：不論腫瘤的侵犯程度，但已有鎖骨上窩淋巴結轉移，或有任一頸淋巴結大小是等於或超過6公分的。
第7期：已有遠處如骨骼、肝臟、肺臟或腦部的轉移，而不論腫瘤侵犯程度與淋巴結是否有轉移。
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