H1N1新流感疫苗於11月1日開打，八八水災受災戶成為第一批接種新流感疫苗的民眾，接種的疫苗是諾華藥廠所製造。衛生署總共採購1500萬劑新流感疫苗，預計明年農曆年前接種完畢，創下了國內公衛史上最大規模的施打紀錄。
第一線醫護人員則在11月2日接種疫苗，包含急診救護、照顧新流感病患的醫護人員等等。衛生署疾病管制局副局長周志浩指出，目前已收到了第一批37萬劑疫苗，諾華藥廠第二批疫苗將在11月中旬到貨，屆時國產疫苗第一批500萬劑也將加入施打行列。
疫情指揮中心預估，1500萬劑新流感疫苗差不多可讓1200萬人至1300萬人施打，疾管局形容是這次是國內防疫史上最大規模的接種，為求順利達成目標，已進行多次沙盤推演。
周志浩指出，11月9日將對針嬰兒（6個月未滿1歲）施打疫苗，疫苗接種的合約院所名單差不多都完成，國內共有500家醫療院所參與這項有史以來，最大規模的疫苗接種計畫。各縣市均以衛生所為主，詳細確定的院所名單將於11月2日公布。
指揮中心強調，疾管局已與各縣市衛生局召開了4次H1N1疫苗接種執行討論會，已達成共識，H1N1疫苗接種作業全國步伐一致，採統一的接種順序及時程。
我國採登機模式，依順位分梯次開放接種，合併採取校園集中接種策略，可大幅減少民眾到醫療院所，卻打不到疫苗的情況。指揮中心籲請民眾先了解自己的接種順位及時程，並留意政府所公布的資訊，依序前往接種。
另外，近日1922防疫專線接獲多起民眾詢問流感快篩陽性者是否需接種疫苗。周志浩表示，雖然多數陽性個案已具免疫力，但仍有少數（約一成）個案可能沒有產生抗體，因此仍需接種疫苗。
「即便感染過新流感，再接種疫苗也無妨！」周志浩強調， H1N1疫情持續升溫，所幸病毒仍屬溫和，致死率約在萬分之一至萬分之二。請民眾務必配合疫苗接種作業，若有任何關於新流感疫苗施打的問題，可以撥打1922專線詢問。
