莫拉克颱風重創台灣，外界擔心災區收容所爆發疫情，對此，衛生署疾病管制局表示，目前傳染病監視資料尚未發現災區有新流感群聚或特殊疫情。不過，災區民眾如果出現類流感症狀，不用接受快篩，就能夠服用克流感藥物。
為了降低收容安置所出現新流感群聚感染，中央流行疫情指揮中心訂定「災區民眾收容安置場所因應H1N1新型流感之防治措施」，大幅放寬災民使用抗病毒藥劑條件。
疾管局發言人林頂指出，防疫人員將持續監視災區醫療站、醫療院所及收容所，一旦發現類流感聚集，只要當地傳染病防治醫療網區指揮官評估認為有必要者，即便沒有經過快速篩檢，災民也能免費獲得克流感。
林頂說，如果當地醫療站或收容中心的醫療服務站，並未備有快篩，只要醫師依據臨床的症狀評估為類流感，就可以讓病患直接服用克流感等抗病毒藥劑。
國內新流感群聚與重症疫情方面，依據疾管局統計，台灣共累計有至少43起群聚事件，共有1755人出現症狀。採檢373人中，高達233人確定感染H1N1新流感病毒。群聚事件在學校、補習班居多。
衛生署疾管局推估，國內每週約新增9千名的新流感患者，數字驚人，直逼一萬大關。在重症方面，累計個案為25人，其中2人死亡，3人仍住在加護病房，1位住在普通病房，其餘19人已陸續出院。
至於新竹縣之二重國中及新竹市光華國中管弦樂團，包括學生、家長及老師共157人，前往韓國之濟州島參訪交流，期間部分學生陸續出現發燒症狀，疑似感染新流感，目前正接受韓國衛生單位暫時隔離觀察。
衛生署已派遣防疫醫師，備妥克流感等藥品，與外交部人員立刻啟程，前往韓國濟州島，協助該團師生家長處理後續事宜。
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