為什麼一株源自豬流感的病毒會跨越宿主，成為人類的新型流感H1N1？長庚大學新興病毒感染研究中心主任，同時也是長庚醫院病毒檢驗室主任施信如教授與資工系陳光武教授在最近發表於國際期刊「新興感染症」（Emerging Infectious Diseases）的一篇論文中，指出可能豬流感因為發生了4個重要的位點突變，而使這株動物流感變成人類流感。
這篇論文大量分析10幾萬筆流感病毒序列，而尋找出一些會使流感病毒跨越宿主感染的重要基因標誌。這些基因標誌不僅解釋新型流感H1N1如何形成，也提供了偵測流感病毒突變的檢驗標誌。當有任何新流感出現時，實驗室可以將病毒密碼解序，並分析此篇論文中提出的基因標誌，而進一步評估新流感對人類的威脅程度。
另外，新型流感H1N1才剛變成人流感不久，未來它會如何演變，是否會改變毒性也是大家關切的問題。這篇論文也發現一些胺基酸序列的改變，可能會影響病毒的致病性。臨床醫師應密切注意新型流感病患的臨床症狀是否改變，並檢視病人身上的病毒株是否突變。而流感病毒有4000多個位點，該看那些點發生變化呢？這篇論文即明確地指出有47點是值得檢視的「標誌」。
這個研究成果頗受國際流感科學家的認同與重視，因而被美國疾病管制局主辦的「新興感染症」雜誌以「最速件」處理的方式發表。此論文於網路上發表的第1天，國際媒體「澎博社」（Bloomberg）即訪問施教授有關的研究。
流感之後續發性細菌感染是造成死亡的重要原因之一，肺炎鏈球菌是造成社區型肺炎、腦膜炎、敗血症及中耳炎重要的致病菌。由於肺炎鏈球菌與流感病毒之間有協同作用，肺炎鏈球菌常在流感病毒侵襲後進入人體內引發疾病。根據國外報導，這次新型H1N1流感全球大流行，許多嚴重個案都是發生了續發性細菌感染，其中肺炎鏈球菌造成的肺炎症是其主要原因之一，然而近20年來，多重抗藥性肺炎鏈球菌的出現，卻使得臨床上肺炎鏈球菌疾病的治療更為棘手。
林口長庚兒童醫學中心林奏延院長於2007年執行一項全國性監測侵襲性肺炎鏈球菌的計劃。研究結果發現，在台灣2到4歲的兒童侵襲性肺炎鏈球菌感染的發生率最高，每年每10萬人有15.6個病例，其次是小於2歲的兒童及大於等於65歲的老年人。在這兩個族群，每年每10萬人約有10個病例。在死亡率分析方面，大於等於65歲的老年人得到侵襲性肺炎鏈球菌疾病的死亡率最高，約30％。小於2歲及2到4歲的兒童死亡率約為1％到3％。
雖然侵襲性肺炎鏈球菌疾病在兒童的死亡率較低，但是抗藥性的問題卻最為嚴重，在治療上的困難度較高。侵襲性肺炎鏈球菌疾病種類的分布是以菌血性肺炎／膿胸為最常見，其次為菌血症、腦膜炎。罹患侵襲性肺炎鏈球菌疾病常見的潛在性疾病包含惡性腫瘤、糖尿病、慢性肺疾病、慢性心血管疾病、腎衰竭及肝硬化。這項研究結果已發表在「疫苗」（Vaccine）國際期刊上。
肺炎鏈球菌有超過90種的血清型，造成侵襲性肺炎鏈球菌常見的血清型式是14、19F、3、6B及23F，目前市面上的7價結合型肺炎鏈球菌疫苗可涵蓋5歲以下兒童侵襲性肺炎鏈球菌疾病血清型的64％到73％之間。在成年人部分，是以23價多醣體肺炎鏈球菌疫苗的涵蓋率最高，在大於等於65歲老年人可達70％。
同時由於續發性肺炎鏈球菌感染症是造成流感之後併發肺炎重症的主要原因，現在除了施打流感疫苗來預防流感病毒的感染之外，施打肺炎鏈球菌疫苗也有助於萬一得到流感之後進一步發生續發性肺炎的併發症。
