為了因應新流感、季節性流感等兩項疫苗接種後各種可能的狀況，中央流行疫情指揮中心宣布成立「疫苗事件危機處理小組」，可在第一時間內處理「施打後嚴重副作用或是猝死」等狀況。
在新流感、季節流感病毒的雙重夾擊下，疫情指揮中心不敢大意，總共準備了近1800萬劑疫苗，來預防未來大規模傳染所可能造成的重大傷亡人數。
10月1日季節流感疫苗全面開打，共有299萬劑。緊接著11月月新流感疫苗要開打，數量更多，高達1500萬劑。前者已接種了10幾年，安全性、有效性都沒有問題，但新流感疫苗則是第一次施打，可能造成諸多突發狀況，兩種均採自願性接種。
為因應流感疫苗接種可能發生緊急事件，指揮中心成立「疫苗事件危機處理小組」，由張上淳副署長擔任召集人，郭旭崧局長擔任副召集人，主要成員包括衛生署疾病管制局、藥政處、醫事處、公關室等單位。
衛生署副署長張上淳表示，疫苗事件危機小組係針對新流感疫苗而設，但會從10月1日季節流感疫苗開打時，就會同步運作，希望疫苗接種後，可以順利完成。
內容包括了「民眾施打後發生嚴重副作用或是猝死」、「孕婦施打後出現不良反應或是流產」、「國外疫苗安全疑慮」以及疫苗廠商延遲交貨或是斷貨等等10多種突發狀況，針對這項危機，防疫指揮中心都已準備了因應對策。
張上淳指出，國內外資訊顯示，疫苗是安全的，但為求謹慎起見，及時反應，指揮中心預先模擬各種突發狀況，有備無患，萬一真的出現狀況，就可迅速補救。
季節性疫苗自10月1日開打，符合接種對象者（6個月嬰兒至小四學童、65歲以上長者及重大傷病者等），可攜帶身分證件及健保卡至各全國3500多家合約醫療院所接種。
新流感疫苗預計自11月開始施打，目前接種的12順位已確定，屆時將依次序，通知優先民眾接種。相關接種方式及合約醫療院所等細節，將於10月20日公布。
