鼻中隔穿孔主要是鼻中隔手術造成的，其他原因如用可卡因鼻腔吸毒，或是梅毒造成的鼻中隔軟骨與黏膜缺損，不過相當罕見。
在鼻中隔彎曲的手術中，通常分開鼻中隔黏膜與鼻中隔軟骨，必須分到軟骨膜層，鼻中隔黏膜才不易破損，所以在打局部麻醉時，是否打到軟骨膜層是相當重要的，即使是經驗相當豐富的醫師，在視野良好的狀況下，有時也會分不出鼻中隔軟骨膜，造成鼻中隔穿孔。另外鼻中隔的軟骨或硬骨棘(Spur)，也是鼻中隔穿孔的主要原因之一。
因為鼻中隔手術所造成的醫原性鼻中隔穿孔，主要還是因為同一位置，雙側的鼻中隔黏膜，同時破損，才會在術後產生真正的破損。單側破損，另一側完整的黏膜會協助破損側修補，不會造成真正的破損。
一般而言，為了取鼻中隔軟骨作鼻整形手術，病患的鼻中隔沒有明顯的彎曲，或沒有骨棘存在，醫師小心翼翼，甚至用開式手術，打開上外軟骨取鼻中隔，會造成鼻中隔破損的機率極低。閉式手術，鼻中隔軟硬骨部份，因為嚴重彎曲，術中的出血量較多，或是新手醫生上刀，反而是造成鼻中隔破損的原因。但純功能性手術，用開式手術，掀開鼻小柱，剖開下外軟骨與上外軟骨，只為了「鼻中隔鼻道成形術」，少少的健保給付，好像是殺雞卻用牛刀。
醫原性的鼻中隔穿孔，主要症狀，是少量出血，血痂形成。但許多病人並沒有症狀，不見得一定要修補。小的穿孔，在穿孔緣切除以上皮化的部份，在鼻孔內做縫合即可。
大的鼻中隔穿孔，可用下列兩種方法修補：
如圖一：用穿孔對側的黏膜翻轉，爭取加長之黏膜，以修補破洞。這個方式成功率較低。
(圖一)
如圖二：用上唇黏膜，翻轉至鼻腔內，做縫合修補。這個方式，成功率高，但要切開鼻小柱，且2-3週後，要再次手術，切斷皮瓣。鼻腔過度通氣，也可以用此法增加鼻部氣流阻力，但皮瓣處理，略有不同。
(圖二)
這兩種方式，都必須是純熟的鼻科醫師，鼻部解剖位置十分了解，才會有最佳的結果。
