根據國民健康局於2007年的調查，乳癌是目前台灣女性發生率最高的癌症，在台灣每年約有將近5000名新增的乳癌患者，雖然隨著癌症篩檢及檢驗技術的進步，許多早期乳癌可以提早發現並接受治療，但是腫瘤的行為常常是多變且因人而異的，因此個人化導向的治療模式，是今日醫療的一個新取向與目標。
乳癌的治療大致有化學治療、賀爾蒙治療及標靶治療等幾類，而這些病人是否適合接受這些治療的重要資訊，都記載在病理報告之中。就賀爾蒙治療而言，病理科醫師將病人之病理組織檢體，經石臘固定包埋之後，利用免疫組織化學染色法的方法，去偵測腫瘤是否有雌激素受體或是黃體激素受體來作為治療的指標。研究指出，若「雌激素受體陽性型」乳癌患者，使用他莫昔芬(tamoxifen)之類的賀爾蒙阻斷療法，能夠防止癌細胞獲得雌激素滋養，並有效的降低死亡率及乳癌的復發或轉移;反之呈現陰性者，則沒有這樣的治療效果。
至於提到目前最熱門的乳癌標靶治療，則不可不提到第二型類表面生長因子(HER-2)，約有20-30%的乳癌病人擁有HER-2基因過度表現，此類病人往往腫瘤容易惡化且侵襲性高，但若能早期使用賀癌平(Herceptin)藥物來做標靶治療，則可有效降低40-50%復發率並可增加存活率。因此，確定HER-2表現的狀況，對於醫師以及病人雙方都有非常重要的意義，有助於決定是否需積極做進一步的標靶治療。
要知道病人的乳癌組織是否有HER-2的過度表現，最快速簡便的方法是利用免疫組織化學染色的方法偵測HER-2蛋白在乳癌細胞的表現量，並給予0到3的分數評分。若評分為3分表病人有Her-2的過度表現，適用賀癌平的標靶治療；若評分為0和1分則表示HER-2陰性，則不必投予此類藥物。至於評分落在灰色地帶2分的病人，雖然在蛋白質的層面無法確定是Her-2陽性，但其中仍有20%-30%左右的病人，其乳癌細胞的Her-2基因有過度表現，而要偵測基因表現的情形，則需進一步施做螢光原位雜交法(Fluorescence In Situ Hybridization，簡稱FISH )這種更先進的分子病理診斷技術。
螢光原位雜交法是一種量化的檢驗方式，可以直接檢驗腫瘤的基因套數，較無偽陽性及偽陰性的問題，染色後透過螢光顯微鏡的觀察，若是橘色螢光亮點比綠色亮點，超出2倍者，表示Her-2基因過度表現，即HER-2陽性。目前全民健保已提供免疫化學染色兩分的個案可加做FISH的給付，無疑是乳癌病人的一大福音。
乳癌賀爾蒙治療及標靶治療帶來抗癌的新希望，提供嶄新的治療方向，但癌細胞往往複雜多變，因此個人化導向的治療方式是未來醫療的趨勢，高醫病理科透過針對病理檢體癌症賀爾蒙受體或突變基因的檢測，可有效的給予臨床科醫師治療方向的引導，藉此提升乳癌的治療效果，並透過各科的互相通力合作，給予以病人為中心的全方位治療。
