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臨床上子宮內膜異位症的病人可能會有痛經、月經異常等症狀。此外，最惱人的是導致不孕症，因為子宮內膜異位症可能會造成骨盆腔、卵巢輸卵管附屬器之沾粘，讓精卵、胚胎之運送出問題；子宮內膜異位症亦會釋放對精卵、胚胎有害的物質，使精卵、胚胎的品質受影響；患有子宮內膜異位症之病人其卵巢功能也會受到影響，使卵巢的反應變差，進而影響排卵，種種原因加總起來，使得子宮內膜異位症之患者的生育力受到影響。
台灣婦產科醫學會理事長彰化基督教醫院婦產部部長蔡鴻德醫師表示，過去大多數人認為手術對子宮內膜異位症合併不孕的病人有益，尤其是巧克力囊腫(即子宮內膜異位瘤)大於4公分以上的病人，手術完是所謂懷孕的黃金時期。但漸漸有一些專家開始提出不一樣的見解，有些人認為如果病人是將要接受試管嬰兒治療者，可以直接進入療程，不一定要手術將巧克力囊腫先摘除，因為手術有可能更加傷害到卵巢的功能。
有一研究顯示有開刀與沒開的的兩組病人，接受試管嬰兒之治療，其胚胎著床率及臨床懷孕率病沒有差異，此外有接受手術的那組病人對排卵刺激藥物的反應較差，所需排卵藥劑量反而更大。另外，手術也有手術可能之併發症，如出血、腸子、膀胱損傷等。
30歲陳小姐，結婚2年多，以前曾懷孕一次，初期就沒有心跳，之後就一直沒有自然懷孕。其後也曾接受人工受孕之治療，但仍然無法成功受孕。這次她到彰基醫院生殖醫學中心求診，經檢查發現她卵巢兩側都有巧克力囊腫(即子宮內膜異位瘤)，一側甚至將近5公分大，病人暫時不考慮手術處理，於是直接進入超長療的試管嬰兒治療。在打了兩劑的長效型腦下垂體抑制劑後，開始了卵巢刺激，後來一共取到6顆卵，植入兩顆還不錯的胚胎，最後成功懷了雙胞胎。
彰基生殖醫學中心在過去三年試管嬰兒的懷孕率約為48%，活產率也高達43%，已與國際知名的一些生殖醫學中心差不多，如紐約大學生殖醫學中心這兩年活產率為45%及43%；而康乃爾大學生殖醫學中心的為40%及37%；美國2007年的平均活產率約為36%；英國的活產率則約為23-25%。
