由於部分醫院採購藥品時，會以支付價與實際採購價差大的廠牌為主要考量，導致民眾選擇藥品的權益受損。中央健保署表示，各級醫院在開藥時應以療效及醫療品質為優先考量，若醫院無法提供病患所需的藥品，則患者有權要求醫師釋出處方，自行選擇藥局領藥。
目前醫療院所提供給民眾的藥品是依照現行制度，每月向健保署申請藥費，每項健保給付的藥品都有統一支付價，而正常情況下，藥商賣給醫療院所的藥價，可能會因醫療院所的議價而低於健保訂定的支付價。也就是說，若醫療院所能從藥商買進低於健保統一支付價，兩者之間的價差就成了醫療院所的額外折扣金額。
不過，有部分醫院為了獲取最大利潤，在採購藥品時，以藥價差相對大者為考量，使得無預期換藥的情況發生。這讓原本固定使用某廠牌藥品的患者，引發病情起伏的疑慮。
針對此問題，健保署指出，以常見的高血壓用藥及降血脂用藥為例，amlodipine 5毫克錠劑目前給付廠牌共24家（包括原廠的脈優錠5毫克）及atorvastatin 10毫克錠劑共17家（包括原廠的立普妥膜衣錠10毫克）。若醫院無法提供原有廠牌藥品，患者有權要求醫師釋出處方，不必受限於醫院採購的單一廠牌藥品。
針對藥商競爭可能產生高額藥價差的情況，健保署說明，若經檢舉有明確事證案件，並符合下列4項條件者，健保署將調查實際交易價格，依調查結果調整健保支付價：（一）藥商或藥局販售價格低於本保險支付價格50%；（二）同分組品項有3個以上；（三）同分組最近一年保險醫事服務機構申報總計金額大於新臺幣1億元以上；（四）非屬因符合品質條件而以劑型基本價支付之品項。
最後，外界關切藥價差太大是否會有藥品品質不良的疑慮，健保署提到，目前所有納入給付的藥品，都已經過政府嚴格把關，由衛福部發給藥品許可證，並無品質上的差異。若有疑慮，無論是醫療人員、民眾或藥商均可線上向主管機關通報。
